Enstitü bünyesinde iki süreli yayın bulunmaktadır.
Bunlardan "The Turkish Journal of Pediatrics" dergisi İngilizce olarak 1958 yılından 2008 yılına kadar yılda 4 sayı ve 2008 yılından itibaren yılda 6 sayı olarak yayınlanmakta olup Science Citation Index Expanded kapsamındadır.
"Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Dergisi" Türkçe olarak 1958 yılından bu yana yılda 4 sayı olarak yayınlanmakta olup pek çok uluslararası indeks kapsamında yer almaktadır.