Ankara'nın ilk yerleşim bölgelerinden olan Dört Yol semti ve Hacettepe Parkı ile çevresindeki gecekondu bölgesinde bir çocuk sağlığı merkezi kurulması fikri ilk kez Dr. İhsan Doğramacı tarafından 1947 yılında düşünülmüş, 1951 yılında hazırlanan projedeki temel hedeflerle kurulacak merkezin Ankara ve çevresindeki bölgelerin çocuk sağlığı hizmetlerine kalite getirmesi, temel halk sağlığı hizmetlerini sunması ve sağladığı eğitim olanakları ile mevcut hastaneler için bir referans merkezi olması amaçlanmıştır.

Bu amaca yönelik 2 Şubat 1954'te Ankara Üniversitesine bağlı Dr. İhsan Doğramacı başkanlığında bir Çocuk Sağlığı Kürsüsü kuruldu. Bu kürsü bir asistan iki hemşire ve bir sekreterden oluşan kadrosu ile Dört Yol semtinde kiralanan gecekondunun iki odasında haftada 4 gün poliklinik hizmeti vererek çalışmalarına resmen başlamış oldu.

Dr. İhsan Doğramacı kurulması planlanan merkezin eğitici kadrosunu oluşturacak hekimlerin seçimine ve eğitimine büyük özen gösterdi. Sağladığı burslarla 17 asistan ve uzman hekim Amerika Birleşik Devletleri’ne eğitim amaçlı gönderildi.

1957 Eylül ayında poliklinik hizmetlerinin yanı sıra her biri 20-30 yataklı üç ayrı servisle yataklı hastane hizmeti ve hasta bakımı hizmeti verilmeye başlandı.

8 Temmuz  1958 tarihinde 4936 sayılı ve takiben 892 sayılı yasa ile Ankara Üniversitesine bağlı Çocuk Sağlığı Enstitüsü ve ona bağlı 150 yataklı Hacettepe Çocuk Hastanesi resmen hizmete açılmış oldu.

23 Mart 1961’de çıkan bir yangından sonra tamamen yanan çocuk hastanesi 6 ay gece ve gündüz süren özverili çalışmalar sonunda 250 yataklı kapasitesi ile Eylül 1961'de yeniden açıldı.

6-9 Eylül 1961’deki II. Orta Doğu Akdeniz Ülkeleri Pediatri Kongresine ev sahipliği yaptı. Takip eden zaman sürecinde artan ihtiyaçlar göz önüne alınarak 1000 yataklı genel hastane yapıldı ve çocuk hastanesinin yatak sayısı 350’ye çıkartıldı.

1961 yılı Haziran ayında Çocuk Sağlığı Enstitüsü’ne bağlı olarak yüksek hemşirelik, tıbbi teknoloji, fizik tedavi ve rehabilitasyon alanlarında eğitim yapan Sağlık Bilimleri Yüksek Okulu; 1962'de ise Ev Ekonomisi Yüksek Okulunun Diyetetik Bölümü hizmete açıldı.

1963 yılında Hacettepe Sağlık Bilimleri Yüksek Okulu, Tıp ve Sağlık Bilimleri Fakültesi haline getirildi ve böylece Ankara'nın ikinci, Türkiye'nin dördüncü Tıp Fakültesi olarak Hacettepe Tıp Fakültesi kuruldu. Tıp Fakültesi ilk mezunlarını 8 Temmuz 1969 tarihinde verdi. Aynı yıl Tıp ve Sağlık Bilimleri Fakültesi’ne bağlı olarak kurulan Diş Hekimliği Yüksek Okulu 1971 yılında fakülte hâline getirildi.

Enstitü, Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Fakültesi aracılığı ile aile sağlığı ile ilgili çalışmalara başlayarak bu alandaki Doktora ve Yüksek Lisans düzeyindeki eğitim programlarını uygulamaya koymuştur. 1980-1981 yıllarındaki Sağlık Bilimleri Fakültesi’nden ayrı olarak kendi eğitim faaliyetlerini programlamış , Aile Sağlığında Doktora, Adolesan, Sosyal Pediatri, Aile Sağlığı, Alerji, Çocuk Psikiyatrisi, Endokrinoloji, Enfeksiyon Hastalıkları, Gastroentereoloji-Hepatoloji, Genetik, Hematoloji, İmmünoloji, Kardiyoloji, Nefroloji, Neonatoloji, Nöroloji, Nütrisyon ve Metabolizma, Onkoloji, Pediatrik Cerrahi, Pediatrik Patoloji, Pediatrik Radyoloji, Pediatrik Kardiyovasküler ve Torasik Cerrahi, Primer Sağlık Hizmetleri ile Tıbbi Biyoloji ve Viroloji dallarında yüksek lisans eğitimi vermiştir. Enstitümüzde Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı’nın çeşitli bilim dallarında (Hematolojide 1, Hepatolojide 1, Kardiyolojide 1, Nörolojide 1, Nefrolojide 3, Onkolojide 1, Endokrinolojide 2, Alerjide 1, Patolojide 2 ve Enfeksiyon Hastalıklarında 2 olmak üzere) toplam 16 kişi Yüksek Lisans eğitimi yapmış ve mezun olmuşlardır.  Bugün bu uygulama Sağlık Bakanlığı’na bağlı yan dal uzmanlık eğitimi çerçevesinde yapılmaktadır.

1982 yılından itibaren, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ve ilgili yönetmelikler doğrultusunda Enstitüde;

Aile Sağlığı Anabilim Dalı

Sosyal Pediatri Anabilim Dalı

Pediatrik Temel Bilimler Anabilim Dalı

Pediatrik ve Perinatal Patoloji Anabilim Dalı

Genetik Bilim Dalı

İmmünoloji Bilim Dalı

Nütrisyon ve Metabolizma Bilim Dalı

sınırlaması üzerine bu Anabilim ve Bilim  Dallarında lisansüstü eğitimlere geçilmiştir.

İşte kiralık bir gecekondunun iki odasından yola çıkarak Anadolu'da kurulan birçok üniversitenin çekirdeği olan Hacettepe Çocuk Sağlığı Enstitüsü ve Çocuk Hastanesi'nin hikayesi kısaca böyledir.

Hacettepe Üniversitesi Çocuk Sağlığı Enstitüsü’nün mimarı ve kurucusu Sayın Prof. Dr. İhsan Doğramacı, kuruluşundan 1981 yılı Aralık ayında Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı’na atanıncaya kadar Enstitü Müdürlüğü’nü yapmıştır. Enstitü Yönetim Kurulu'nun ilk toplantısında (3.12.1982/82-1) alınan kararla Hacettepe'nin kurucusu ve Onursal Rektörü Prof. Dr. İhsan Doğramacı, aynı zamanda Çocuk Sağlığı Enstitüsünün Onursal Müdürü olmuştur.  

Kuruluşunda var olan çağdaş tıp ve sağlık eğitimine yönelik amaçlarını gerçekleştirerek 1982 yılında 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile bugünkü yapılanmasına ulaşan Enstitümüz misyon ve vizyonunda var olan değerler ve hedefler doğrultusunda stratejik plan çerçevesinde çalışmalarını sürdürmektedir.